COVID-19 slimības karte: visaptverošs repozitorijs
Rakstā, kas šonedēļ publicēts žurnālā Nature Scientific Data, pētnieki iepazīstina ar savu projektu un aicina piedalīties pētniecības pārstāvjus no visas pasaules.
Pētnieki, izmantojot vairāk nekā desmit gadu pieredzi slimību karšu veidošanā, organizē šo projektu kā ātru reaģēšanu uz pašreizējo pandēmiju. Šobrīd projektā piedalās 162 pētnieki no 25 pasaules valstīm. Pateicoties stingrai un efektīvai organizācijai, iegūstot un apkopojot datus no esošās literatūras un strauji augošā Covid-19 publikāciju skaita, viņi izveido uzticamu zināšanu krātuvi.
Slimības karte nodrošinās slimības mehānismu grafisku, interaktīvu attēlojumu un aprēķina resursus analīzei un slimības modelēšanai. "Šī platforma ļaus klīniskajiem ekspertiem, piemēram, ārstiem, virusologiem un imunologiem, sadarboties ar datu zinātniekiem un skaitļošanas biologiem, lai precīzi formulētu modeļus un iegūtu precīzu datu interpretāciju," skaidro prof. Reinhards Šneiders, Bioinformatics Core vadītājs.
Covid-19 slimību kartes veidošanas veids ir unikāls, jo pētniekiem jāpaļaujas uz izplatītu, vairāku instrumentu un vairāku grupu pieeju, ko diktē pašreizējās pandēmijas ārkārtas laika ierobežojumi. Tikai sadarbība starp vairākām pētniecības iestādēm un vairāku kompetences jomu apvienošana var ļaut pietiekami ātri tikt galā ar šo problēmu. Pētnieki arī vēlas iegūt informāciju no praktizējošiem ārstiem un jomas ekspertiem. Tie var palīdzēt pārskatīt karti - tās saturu un apjomu -, kā arī uzlabot kvalitāti un piemērojamību.
Šāda atklāta sadarbība starp klīniskajiem pētniekiem, dzīvības zinātniekiem, skaitļošanas biologiem un datu zinātniekiem ļauj izveidot uzticamu un noderīgu resursu visiem, kas meklē COVID-19 slimības mehānismus. Apkopotās zināšanas uzlabos mūsu izpratni par dzimumu, vecumu un citām saimnieka uzņēmības iezīmēm, slimības progresēšanu, aizsardzības mehānismiem un reakciju uz ārstēšanu. Tas atvieglos efektīvas diagnostikas un ārstēšanas stratēģijas attīstību.
"Šis projekts paver iespēju ilgtermiņa sadarbībai attīstot augstas kvalitātes modeļus un zināšanu bāzes, kas būs noderīgas gan pašreizējām, gan nākamajām epidēmijām," secina prof. Šneiders.
AVOTS: Ostaszewski M, Mazein A, Gillespie ME, et al. COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms. Scientific Data, 2020; 7 (1)